Dalam melaksanakan gerak Dakwah Islamiyah, PCM Pesantren mempunyai seperangkat Pengurus beserta Majelis-Majelis dan Lembaga-Lembaga yang berfungsi secara praktis untuk melaksanakan Program-Program Muhammadiyah di tingkat Kecamatan atau Cabang ini.

Pengambilan keputusan di PCM Pesantren dilaksanakan secara demokratis dalam bentuk permusyawaratan. Permusyawaratan tertinggi ialah Musyawarah Cabang (Musycab) Muhammadiyah yang berfungsi untuk memilih Pengurus dalam PCM Pesantren, strategi dan program dakwah Muhammadiyah di wilayah Kecamatan Pesantren, mengevaluasi gerakan dakwah pada periode kepengurusan sebelumnya, dan lain-lain yang penting untuk diputuskan dalam permusyawaratan tersebut. Musycab melibatkan seluruh PRM dan Ortom di wilayah Cabang Pesantren.

Proses kaderisasi dalam PCM Pesantren dilakukan secara intensif melalui Organisasi-Organisasi Otonom Muhammadiyah di level cabang yang mempunyai segmentasi tersendiri.